棚室辣椒移栽以后，极易发生根部病害，如根腐病、青枯病和疫病等，造成植株成片枯死。对于这些根部病害应及早采取措施加以有效防控，做好药剂防治。
辣椒根腐病
辣椒根部病害要早发现、早防治，抓住发病初期及时用药防治。一般防治根腐病可用50%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂600倍液，或50%甲霜灵锰锌可湿性粉剂600倍液，或绿亨二号500倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次，连灌3次~4次。
辣椒青枯病
对青枯病可用绿乳铜600倍液，或70%代森锰锌500倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次，连灌3次~4次。
辣椒疫病
对辣椒疫病可用50%甲霜铜可湿性粉剂500倍液，或50%甲霜灵锰锌可湿性粉剂 500 倍液，或72.2%普力克水剂600倍~800倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次，连灌3次~4次。注意药剂要交替使用。
